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Informações do Evento

Informações do Evento



 

PERÍODO E HORÁRIO: 05 a 09 de agosto de 2019, das às 8 às 12h e das 14 às 18h

 

LOCAL: Sala "Marcílio Dias" do Departamento de Genética, da ESALQ/USP, na Av.Pádua Dias, 11, em Piracicaba, SP

 

COORDENADOR: Prof. Dr. Roberto Fritsche Neto (Depto.de Genética/ESALQ/USP)

 

MINISTRADO POR: Prof.Dra. Daniela Lourenco (University of Georgia, USA) e Dr.  André Luiz Seccatto Garcia (University of Georgia)

 

COMISSÃO ORGANIZADORA
- Júlia Silva Morosini
- Fernando Garcia Espolador

 

OBJETIVO: Propiciar uma abordagem aprofundada em análises genômicas utilizando a família de programas BLUPf90, comtemplando tópicos como modelos mistos, operações em matrizes esparsas, implementação de algoritmos REML e Gibbs, com foco em seleção genômica.

 

PÚBLICO-ALVOEstudantes e profissionais na área de genética e melhoramento.

 

PROGRAMA

05/08

1.1         Introdução ao ambiente Linux e scripts bash

1.2         Introdução à família de programas BLUPf90

  • Modelos mistos
  • Modelo multi-trait
  • Modelos de repetibilidade

1.3         Exercício: edição de dados usando scripts bash e uso de programas para conjunto de dados com single-trait e multi-trait

 

06/08

2.1       Família de programas BLUPf90 para estimação de componentes de variância

  • REML e AIREML
  • Amostragem de Gibbs para caracteres lineares e categóricos

2.2       Exercício: estimação dos componentes de variância para caracteres lineares e categóricos

2.3       Simulação de dados usando QMSim (Sargolzaei and Schenkel, 2009)

2.4       Exercício: Simulação de dados genômicos

       

07/08

3.1       Teoria da seleção genômica

3.2       Matriz de relacionamento genômico (G)

3.3       Criação e manuseio de matrizes de relacionamento genômico com preGSf90

3.4       GBLUP, GREML e GGIBBBS usando BLUPf90

3.5       Técnicas de validação para teste de modelos genômicos

3.6       Exercício: uso de programas genômicos com dados simulados

 

08/08

4.1       Controle de qualidade para dados genômicos

  • Call rate
  • Exclusões parentais
  • Distribuições de diagonais de G
  • Diferenças entre G e A22
  • Herdabilidade de conteúdo genético
  • Eigenvalues/eigenvector – estratificação de população

4.2       Teoria do single-step GBLUP (ssGBLUP)

4.3       Formação de equações single-step

4.4       Exercícios: aplicação de controle de qualidade e uso de single-step com conjunto de dados simulados

 

09/08

5.1       Estimação de efeitos SNP para modelos baseados em GBLUP

5.2       Weighted GBLUP e ssGBLUP

5.3       Genome-wide association (GWA)

5.4       Exercícios: aplicação de Weighted GBLUP e GWA

Ministrantes: 

Prof.Dra. Daniela Andressa Lino Lourenco

Dr. André Luiz Seccatto Garcia (University of Georgia)

 

 

IMPORTANTE: É necessário trazer computador pessoal para as aulas.

 

PRÉ-REQUISITO: Conhecimento básico de modelos mistos e de programação em qualquer linguagem.

 

NÚMERO DE VAGAS: 30

 

TAXA DE INSCRIÇÃO

- Profissional – R$ 400,00

- Estudante – R$ 200,00 (anexar comprovante, no ato da inscrição)

 

ATENÇÃO: 

1. A VAGA FICARÁ GARANTIDA POR 5 DIAS, CONTADOS A PARTIR DA DATA DA INSCRIÇÃO, APÓS ESTE PERÍODO SERÁ CANCELADA. No caso de pagamento via depósito, enviar o comprovante para o e-mail: cdt@fealq.com.br, o mais breve possível, dentro do prazo de 5 dias.

 

2. A inscrição, depois de paga, poderá ser cancelada, mas a taxa de inscrição será devolvida somente se o cancelamento for solicitado, por escrito, através do e-mail: cdt@fealq.com.br, até um dia antes do início do evento, depois não devolvemos mais o valor pago.